每日热文

56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉

56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉

随着高通量测序技术的快速发展,高通量测序已由实验室研究逐步应用于临床,肿瘤基因突变的高通量测序对临床肿瘤患者的诊断、靶向治疗及预后判断具有重要指导意义。高通量测序技术可分为“实验操作作”(又称为“湿实验”)和“生物信息学分析”(又称为“干实验”)两个部分。“生物信息学分析”对于高通量测序检测结果的准确性与“实验操作”一样具有决定性意义。

为了解我国肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测实验室生物信息学分析能力的现状,卫生部临床检验中心于2017年10月30日至12月28日开展了该项目室间质量评价的调查活动,为促进实验室根据室间质评结果分析错误原因,采取措施加以改进,本次质评包括第一次质评调查、实验室错误原因分析和第二次质评调查三个阶段。两次调查的预期结果,供实验室改进分析流程参考。

日前,卫生部临床检验中心发布了《全国肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析室间质量评价调查活动结果报告》,公布了本次室间质量评价的最新结果。

56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉

据悉,本次室间质评样本数据文件分三个测序平台,各平台B1700号样本为肿瘤组织DNA高通量测序数据;B17NC号样本代表临床上来自同一患者外周血或者正常组织样本中提取的基因组DNA样本数据,详细信息见表1。本次质评的检测项目是肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析。要求各实验室分别针对各测序平台 B1700 号样本中肿瘤组织体细胞突变进行分析鉴定。

报告中写道,本次质评是对实验室进行肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析能力的评价。生物信息分析包括原始数据的质量控制、数据比对、数据比对后处理、变异识别、变异注释以及变异过滤等步骤。不同的高通量测序平台,产生的测序数据类型有一定的差别,因此本次室间质评样本包括Illumina、Ion torrent和BGISeq500 三种测序文件。其中 Illumina测序文件包括95个点突变、短片段缺失、短片段插入,2个融合基因和2个拷贝数变异;Ion torrent测序文件包括95个点突变、短片段缺失、短片段插入;BGISeq500测序文件包括95 个点突变、短片段缺失、短片段插入,1个融合基因和2个拷贝数变异。本次质评样本为高质量的测序文件,但是在实际临床检测中,对肿瘤体细胞突变检测往往更为复杂,例如对FFPE样本的NGS检测,有时不能获得高质量的数据,因此实验室在生物信息学分析中应当重视对原始数据的质控。

表1:样本信息汇总表

56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉

本次质评,共计136家实验室回报质评结果,收到结果136份,其中有效结果113 份(即完整参加两次质评并按要求回报检测错误原因、回报结果完整、在截止日期内回报的结果)。进行Illumina测序文件、Ion torrent测序文件和BGISeq500测序文件分析的实验室百分比分别为70.8%(80/113)、24.8%(28/113)和 4.43%(5/113)。

报告中表示,本次质评实验室检测结果不理想。在对多数的书写错误不计分的情况下,第一次室间质评调查总的合格率为34.5%(39/113),第二次质评调查的成绩有所提高,总的合格率65.5%(74/113),全部正确的实验室 49.6%(56/113),仍有5.3%(6/113)的实验室为0分,详细信息见表2。进行 Illumina 测序文件、Ion torrent 测序文件和BGISeq500 测序文件分析的实验室符合率分别仅为 62.5%(50/80)、71.4%(20/28)和 80%(4/5),全部正确的实验室仅分别为 42.5%(34/80)、64.3%(18/28)和80.0%(4/5)。错误的情况包括假阴性结果、假阳性结果、检测错误和书写错误四个方面。

表2:实验室PT成绩情况

56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉

实验室 PT 成绩情况此外,PT 成绩合格的实验室,发放质评合格证书,合格证书中注明实验室分析的突变类型和测序文件类型。PT 成绩不合格的实验室,发放质评参加证书;如实验室回报结果不完整、或未在截止日期内回报结果,按照未参加本次质评对待。成绩满分实验室见表3。

表3:成绩为100分的实验室

56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉

资料来源:卫生部临床检验中心

· END ·

56家满分!全国肿瘤体细胞突变NGS检测生物信息分析室间质评结果出炉